تفاوت اصلی بین کلیساهای کاتولیک و پروتستان در مرجع اعتقادات آنهاست. کاتولیک‌ها به سه مرجع برای تعیین اعتقادات خود باور دارند: کتاب مقدس، سنت رسولان، و کلیسا. اما پروتستان‌ها تنها کتاب مقدس را به‌عنوان مرجع قبول دارند و هر چیزی که در کتاب مقدس نیامده باشد، از نظر آنها قابل پذیرش نیست.

این اختلاف در سال ۱۵۱۷ میلادی با اعتراض مارتین لوتر به برخی از اعتقادات و اعمال کلیسای کاتولیک، از جمله فروش مغفرت‌نامه‌ها، آغاز شد. لوتر معتقد بود که این اعمال پایه‌ای در کتاب مقدس ندارند. پس از جدایی پیروان لوتر از کلیسای کاتولیک، پروتستان‌ها بسیاری از اعتقادات و آئین‌هایی که در کتاب مقدس ذکر نشده بودند، مانند جایگاه پاپ، مریم مقدس، و قدیسین را کنار گذاشتند. همچنین، از میان هفت آئین مقدس کاتولیک، پروتستان‌ها فقط دو آئین تعمید و عشاء ربانی را که در کتاب مقدس آمده، پذیرفتند.

تفاوت در عمل و دیدگاه‌ها
کاتولیک‌ها به سنت‌ها و تاریخ کلیسا اهمیت می‌دهند و آئین‌های مذهبی آنها اغلب از قرن‌ها پیش حفظ شده است. در مقابل، پروتستان‌ها بر ساده‌سازی آئین‌ها تأکید دارند و تنها به آنچه در کتاب مقدس آمده پایبند هستند. برای مثال، کاتولیک‌ها در تعمید از روش ریختن آب بر سر استفاده می‌کنند که آن را از سنت کلیسا گرفته‌اند، اما پروتستان‌ها روش غوطه‌ور شدن در آب را ترجیح می‌دهند، زیرا معتقدند این روش در کتاب مقدس ذکر شده است.

بنابراین، تفاوت کاتولیک و پروتستان بیشتر در رویکرد به اعتقادات و مرجعیت سنت نهفته است، نه در ظاهر یا سبک کلیساهای آنها.